Geschiedenis

In 1517 is er al sprake van de Rijnenburgermolen(polder). In 1744 werd het gebied van het naastgelegen Smakkerspoldertje bij dat van de Rijnenburger gevoegd. De huidige molen werd in 1722 gebouwd ter vervanging van een verbrande wipmolen.
 
Tot 1965 bemaalde de molen de Rijnenburgerpolder, waarna zijn taak werd overgenomen door een gemaal. De molen raakte daarna in verval, en raakte steeds meer ingesloten door een nieuwe woonwijk. Tegenwoordig functioneert de molen als verversingsmolen voor het water in de wijk Rhijnenburg.
 
In 1964 werd de toenmalige gemeente Hazerswoude eigenaar. In 1981 volgde een forse restauratie, waarbij de molen onder meer werd rechtgezet. Ook werd de kleine maar authentieke woning zorgvuldig hersteld. In 2006 besloot de gemeente (inmiddels Rijnwoude) dat het molenbeheer niet tot de kerntaken behoorde, en werd de overdracht aan een stichting voorbereid.
 
Op 16 december 2013 ging het juridisch eigendom van de molen over van de gemeente Rijnwoude (die per 1 januari 2014 zou opgaan in de gemeente Alphen aan den Rijn) naar de Stichting Rijnenburgermolen. Na het uitvoeren van noodzakelijke onderhoudswerkzaamheden is de molen op 17 april 2015 ook fysiek aan de stichting overgedragen.
 
Wat in deze molen sterk opvalt is de grove maatvoering van de wielen en de steek, zowel onder als boven.